Il Ministero svolge le funzioni di spettanza statale nelle seguenti aree funzionali:

• compiti di indirizzo, programmazione e coordinamento della ricerca scientifica e tecnologica nazionale;
• istruzione universitaria e alta formazione artistica, musicale e coreutica, programmazione degli interventi, indirizzo e coordinamento, normazione generale e finanziamento delle università, delle Istituzioni dell'Alta  Formazione  Artistica  e Musicale (AFAM) e degli enti di ricerca non strumentali;
• valorizzazione del merito e diritto allo  studio;
• accreditamento e valutazione in materia universitaria e alta  formazione  artistica, musicale e coreutica;
• attuazione delle norme comunitarie e internazionali in materia di istruzione universitaria e alta formazione artistica musicale e coreutica, armonizzazione europea e integrazione internazionale del sistema  universitario e di alta formazione artistica musicale e coreutica anche in attuazione degli accordi culturali stipulati a cura del Ministero degli affari esteri e della cooperazione internazionale;
• coordinamento e vigilanza degli enti e istituzioni di ricerca  non  strumentali; completamento dell'autonomia  universitaria;  
• formazione di grado universitario;
• razionalizzazione delle condizioni d'accesso all'istruzione universitaria;
• partecipazione alle attività relative all'accesso alle amministrazioni e alle professioni, al raccordo tra istruzione universitaria, istruzione scolastica e formazione; valorizzazione e sostegno della ricerca libera nelle  università e negli enti di ricerca;
• integrazione  tra ricerca  applicata e ricerca pubblica;
• coordinamento della partecipazione italiana a programmi nazionali e internazionali di ricerca;
• sostegno  della  ricerca spaziale e aerospaziale;  
• cura dei rapporti con l'Agenzia nazionale di valutazione del sistema universitario e della ricerca (ANVUR);
• congiuntamente con il Ministero dell'istruzione, funzioni di indirizzo e vigilanza dell'Istituto nazionale per la valutazione del sistema educativo di istruzione e di formazione (INVALSI) e dell'Istituto nazionale di documentazione, innovazione  e ricerca educativa (INDIRE);
• cooperazione scientifica in ambito nazionale, comunitario ed internazionale; promozione e sostegno della ricerca delle imprese ivi compresa la gestione di apposito fondo per le agevolazioni anche con riferimento alle aree depresse e all'integrazione con la ricerca pubblica;
• finanziamento delle infrastrutture di ricerca anche nella loro configurazione di European Research Infrastructure Consortium (ERIC) di cui al regolamento (CE) n.723/2009 del Consiglio del 25 giugno 2009;
• programmi operativi finanziati dall'Unione europea; finanziamento degli enti privati di ricerca e delle attività per la diffusione della cultura scientifica;
• altre competenze assegnate dalla vigente legislazione.