Oltre ai compiti di indirizzo e coordinamento del sistema, il Ministero svolge una funzione fondamentale per il funzionamento del sistema universitario attribuendo i finanziamenti annuali alle Università statali e alle Università non statali legalmente riconosciute. Alle Università statali è attribuito annualmente il Fondo di finanziamento ordinario (FFO) destinato alla copertura delle spese istituzionali, tra cui i costi di personale, e di funzionamento. Al funzionamento delle Università non statali legalmente riconosciute, lo Stato attribuisce annualmente il contributo previsto dalla Legge 243 del 1991.

Premialità e costo standard per studente. L'evoluzione normativa degli ultimi anni ha modificato radicalmente le modalità di attribuzione delle risorse statali al sistema universitario introducendo criteri che, gradualmente, riducono il peso dei finanziamenti su base storica a favore di parametri quali:

• il costo standard per studente;
• la quota premiale in relazione ai risultati della didattica e della ricerca;
• gli interventi perequativi a salvaguardia di situazioni di particolare criticità.

Finanziamenti specifici. Sempre nell'ambito dei finanziamenti annuali attribuiti al sistema universitario sono presenti altresì una serie di interventi specifici che, pur facendo parte del FFO, hanno delle destinazioni vincolate. I principali sono:

• Fondo per il sostegno dei giovani e per favorire la mobilità degli studenti (articolo 1, comma 1, Decreto Legge 105 del 2003 convertito nella legge 170 del 2003;
• Fondo per le borse post – lauream per dottorato di ricerca;
• risorse per i Piani straordinari di reclutamento dei Professori e dei Ricercatori.