Con l'entrata in vigore della Legge 240 del 2010 il sistema delle Università statali si è arricchito di nuovi strumenti di programmazione e controllo. Tra questi, i più importanti sono stati il passaggio al Bilancio Unico di ateneo e l'introduzione della Contabilità economico patrimoniale.

I Dipartimenti di eccellenza rappresentano un intervento di sostegno alle università statali per individuare e finanziare, con cadenza quinquennale e nell'ambito delle quattordici aree CUN, i migliori 180 Dipartimenti. Si tratta di Dipartimenti che spiccano per la qualità della ricerca prodotta e per la qualità del progetto di sviluppo, ai quali è destinato un budget annuale di 271 milioni di euro.

Nel sistema delle Università statali le facoltà assunzionali sono attribuite annualmente, con decreto del Ministro, tenendo conto del limite massimo stabilito dalla normativa statale rispetto al turn over e degli indicatori di bilancio di ogni ateneo. Al fine di rendere la programmazione delle assunzioni flessibile e sostenibile nel tempo, ad ogni ateneo è attribuito annualmente un budget in termini di Punti Organico.

Il Ministero attribuisce annualmente i finanziamenti ordinari alle Università statali e alle Università non statali legalmente riconosciute. A questi si aggiungono alcuni interventi specifici a favore degli studenti, dei dottori di ricerca e dei Piani straordinari di reclutamento dei Professori e dei Ricercatori.

La programmazione ministeriale, prevista dall'articolo 1-ter della Legge 43 del 2005, definisce con cadenza triennale e previo parere di CUN, CRUI e CNSU, gli obiettivi di sviluppo del sistema universitario e fornisce un quadro entro il quale ciascuna Università può valorizzare la propria autonomia nella politiche di internazionalizzazione, offerta formativa, servizi agli studenti, sviluppo delle politiche del personale e della ricerca.