Accanto al MUR e alle singole Istituzioni Universitarie, nel sistema universitario italiano sono presenti anche alcuni organi con funzioni complementari di particolare rilevanza per lo sviluppo, il confronto, la valutazione e l’organizzazione del sistema universitario. Tra questi, l’Agenzia nazionale di valutazione del sistema universitario e della ricerca (ANVUR), il Consiglio Universitario Nazionale (CUN), la Conferenza dei Rettori delle Università italiane (CRUI), il Consiglio nazionale degli studenti universitari (CNSU), e il Convegno dei Direttore generali delle amministrazioni universitarie (CODAU).

Nell’ambito del sistema della formazione superiore, il MUR può riconoscere l’attività di altre istituzioni che svolgono per il sistema un importante ruolo di collaborazione e supporto ai servizi di formazione e ricerca delle Università. Si tratta principalmente dei Consorzi interuniversitari e delle Fondazioni universitarie.